Bệnh do bào tử trùng Enterocytozoon hepatopenaei (EHP) xuất hiện đầu tiên tại Thái Lan vào năm 2009 trên tôm sú thương phẩm và tôm bố mẹ, EHP lây trực tiếp từ cá thể tôm này sang cá thể tôm khác trong cùng đàn tôm
Thời điểm giao mùa từ mùa xuân sang mùa hè làm các yếu tố môi trường nước thay đổi như nhiệt độ, oxy, pH... Hiện tượng nắng mưa xen kẽ tạo điều kiện cho ký sinh trùng, nấm, vi khuẩn, virus... phát triển.
Việc sử dụng hóa chất và kháng sinh không đúng qui định, không kiểm soát có thể làm tác động đến môi trường, hệ sinh thái của khu vực hoặc để lại dư lượng trong sản phẩm thủy sản và dẫn đến hiện tượng kháng kháng sinh trong các loài vi khuẩn gây bệnh trên cá.
